2009年9月4日上午，交通运输部副部长、部治理工程建设领域突出问题工作领导小组副组长冯正霖主持召开了部领导小组第二次会议，部领导小组成员、联络员及领导小组办公室成员参加了会议。会议传达了9月3日召开的中央治理工程建设领域突出问题工作领导小组联络员第一次会议精神，审议并原则通过了《公路水运工程建设领域突出问题专项治理工作分工安排（送审稿）》。
        冯正霖副部长在会议讲话中对进一步做好专项治理工作提出了四点意见：
        一是部党组高度重视，为开展专项治理工作指明了方向。中办、国办下发《关于开展工程建设领域突出问题专项治理工作的意见》后，部党组高度重视，成立了以李盛霖部长为组长的领导小组，做了大量前期工作，通过认真调查研究，在较短的时间内制定了我部专项治理的《工作方案》。《工作方案》中列出了七个方面突出问题，提出了十一项工作措施，是部党组在多年来交通建设市场监管工作的实践基础上总结提出的，完全符合交通工程建设领域的实际，这也充分说明我们开展专项治理工作有着良好的基础，要充分运用以往的经验和成果，组织开展好下一步的专项治理工作。
       二是进一步提高认识，准确把握专项治理工作的实质要求。要正确处理好治理突出问题和治理腐败之间的关系。中央开展专项治理工作的目的不仅仅是针对工程建设领域存在的腐败问题，更重要的是要通过专项治理工作确保中央扩大内需、促进经济平稳较快发展政策措施的贯彻落实。工程建设领域的突出问题不止是腐败问题，治理腐败仅仅是专项治理工作中的一个重要组成部分，但不是专项治理工作的全部内容，不能用治理腐败工作来代替专项治理工作。交通运输系统开展专项治理工作，就是要围绕解决部《工作方案》提出的七个方面主要问题，从根本上纠正公路水运建设领域中的各种不规范行为，维护交通建设市场秩序，为交通运输事业的快速、科学、安全和协调发展营造良好的环境。所以一定要处理好治理突出问题和治理腐败之间的关系，避免产生认识上的偏差。
       三是认真落实《工作方案》，扎实推进专项治理各项工作。各单位要按照《工作方案》的要求，紧紧围绕专项治理工作目标和要求，结合日常监管工作，根据本单位责任分工，各负其责、形成合力，找准工作切入点，进一步细化措施，形成本单位的具体工作方案。开展专项治理工作要力戒形式、力求实效，要注意发现典型，及时总结推广治理工作中取得的有效做法和成功经验，推动整个交通运输系统专项治理工作的深入开展，同时也要双管齐下，在这次专项治理工作中要严肃通报一批严重违反建设程序和规律的项目，并严肃处理。要借助这次全国开展工程建设领域突出问题专项治理工作的良好机遇，认真解决交通建设领域存在的突出问题，使交通建设程序更加规范、安全和质量保证体系更健全、长效机制基本建立，从根本上消除交通建设领域腐败滋生的土壤，树立交通系统建设领域的正面形象。
      四是要做好信息沟通和宣传报道工作。在明确分工职责和工作措施的基础上，各单位要加强联系、协作配合，切实加强信息沟通和宣传舆论的导向工作。要同一些能切实反映突出问题正反两面的地区、单位和项目建立联系点，同时将部里的督查项目也纳入联系点，加强对政府投资和使用国有资金的建设项目的督查工作。要加强对专项治理工作各个阶段工作的宣传报道，中国交通报等行业媒体要进一步开阔思路，始终做到宣传工作与治理工作同步，营造良好的舆论氛围。部领导小组办公室要畅通上下联系渠道，做好信息的上传下达，及时反映我部的治理工作动态、亮点和工作思路，并及时向中央领导小组办公室报告工作进展情况。